Tras los eventos de las películas, Peter Parker intenta reconstruir su vida y relaciones tras la muerte de Gwen Stacy, pero la ciudad lo rechaza por la propaganda de J. Jonah Jameson y sus acciones con el simbionte.
Un impostor, el Camaleón, comete crímenes disfrazado de Spider-Man, enfrentándose al verdadero Peter. También aparece Harry Osborn como un nuevo Duende Verde, buscando venganza por la muerte de su padre, Norman. Tras descubrir la identidad de Spider-Man, Harry lucha contra Peter, pero su relación se fractura.
Con la ayuda de Daredevil, Peter descubre que el Camaleón, un cambiaformas aliado con la mafia, está detrás de los robos y de incriminarlo. El Camaleón secuestra a Mary Jane y coloca bombas en Oscorp. Peter logra rescatar a Mary Jane y, aunque el edificio colapsa, evita víctimas, recuperando parcialmente la confianza de la ciudad.
El Camaleón es arrestado y encerrado en Ravencroft, donde comparte celda con Harry y Eddie Brock (quien a su vez está con Cletus Kasady). Peter y Daredevil revelan sus identidades y forman una alianza. Peter visita a Harry para reconciliarse y descubre que recibió ayuda para perfeccionar el suero del Duende de un científico llamado Miles Warren.
En una escena post-créditos, se revela que Kraven el Cazador planea viajar a Nueva York para cazar a Spider-Man.
