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Peter Parker, un simple estudiante del instituto Midtown High, es picado por una araña modificada por Oscorp que le da poderes arácnidos. Después de la fatídica muerte de su Tío Ben decide utilizar sus poderes para hacer el bien y evitar que otros sufran el mismo destino. En sus primeras aventuras como Spider-Man, Peter ve que Nueva York se encuentra sumergida en una guerra de mafias en donde participan capos como Hammerhead, Tombstone o Silver Sable. En el centro de esta guerra se encuentra Wilson Fisk, el pez gordo por excelencia que además aspira a la alcaldía. A lo largo de su investigación, Peter encuentra unos archivos que confirman que la muerte de su tío fue a manos de unos secuaces de Kingpin. A partir de este momento, toma la misión de una manera muy personal y no parará hasta llegar al final. En cuanto a sus amistades, su mejor amigo es Harry Osborn, hijo de Norman, el CEO de Oscorp, empresa que marcó el origen del personaje. Por otro lado, Peter se enamora de su compañera de clase M.J. Watson. A lo largo de la cinta se aprecia el desarrollo de la relación entre Parker y Watson mientras que se distancia de Harry debido al surgimiento de una enfermedad degenerativa en su padre. Al final de la película, Spider-Man se enfrenta a Kingpin para poner fin de una vez por todas a la guerra y derrotar a sus fantasmas del pasado. Con el apoyo de sus seres queridos y del cuerpo de policía logra encarcelar a Kingpin y convertirse en un símbolo de esperanza para la ciudad.