Meses después del ataque de Mr. Freeze y la liberación de la Niebla de los Sueños, Bruce Wayne inicia una nueva etapa como profesor universitario mientras lucha contra un creciente mal en Gotham. Su antiguo amigo Eduardo Dorrance, salvado por un suero experimental llamado TITAN, reaparece convertido en un ser con fuerza sobrehumana, mientras Deathstroke lidera una sangrienta cacería de villanos. Tras la captura del Espantapájaros y la caída de la mansión Wayne, Bruce es corrompido por el TITAN y derrotado brutalmente por Eduardo, ahora Bane, que le rompe la espalda en un combate legendario. Con Gotham cayendo en el caos y ciudadanos mutados en monstruos, Tim Drake asume la defensa de la ciudad con la ayuda del Dr. Connors y la Dra. Penelope Young, mientras Vicki Vale documenta la crisis.
Tras semanas de resistencia, Bruce se recupera y regresa para enfrentar a Bane en la batalla final, con Tim y Huntress, quien es presentada en una escena postcréditos por Nightwing. Juntos logran destruir la amenaza del TITAN y liberar a Eduardo de su control, dejando a Bane en coma. Bruce decide tomarse un descanso como Batman para reconstruir su vida junto a Vicki, mientras Tim asume el papel de protector de Gotham, preparando el terreno para una nueva generación de héroes.