Tras la caída del Pingüino, Batman se enfrenta a una nueva amenaza: una secta enmascarada llamada los Hijos del Miedo, liderada por el Espantapájaros, que busca una toxina experimental conocida como la Niebla de los Sueños. Durante un atentado en un acto público del alcalde Harvey Dent, el oficial Jack Drake muere, lo que lleva a Bruce a acercarse a su hijo, Tim Drake, mientras Gotham cae bajo la ley marcial impuesta por Dent y la brutal seguridad privada de Lady Shiva. Paralelamente, Victor Fries, exaliado y colega de Bruce en WayneTech, desarrolla en secreto un exoesqueleto criogénico para frenar su enfermedad degenerativa, convirtiéndose en Mr. Freeze tras ser abandonado por el sistema. Cuando los villanos liberan la Niebla en Gotham, la ciudad se sumerge en el caos y Batman es cazado como un fugitivo, mientras combate a la Legión del Mal: Livewire, Man-Bat, Solomon Grundy, Copperhead y el propio Espantapájaros.
Con la ayuda de Tim, Alfred y Jim Gordon, Batman retoma el control de la ciudad y derrota a sus enemigos. Mr. Freeze, completamente consumido por la rabia, lo enfrenta en la Torre Wayne. Bruce lo derrota, pero debe elegir entre salvar a Alfred o utilizar el antídoto para curar a Gotham: escoge salvar a la ciudad. Tras la muerte de Alfred, Bruce y Vicki Vale retoman su relación, y Tim revela que ha desarrollado habilidades especiales.
