Han pasado años desde la muerte de Lana. Clark termina sus estudios y entra oficialmente al Daily Planet. Lois, estrella del periódico, empieza a acercarse a él. Clark sigue soñando con Lana, pero transforma su culpa en esperanza. Mientras, Lex Luthor, impune tras provocar la tragedia, redobla su cruzada contra Superman. Culpa al alienígena por no salvar a Lionel y decide destruirlo por completo.
Obsesionado, rastrea anomalías en el Ártico y hackea la Fortaleza, alterando la IA de Jor-El. Sin querer, libera al General Zod. Zod se presenta como libertador y tienta a Clark con restaurar Krypton en la Tierra, pero pronto revela sus planes de conquista. Despliega clones kryptonianos y prepara la terraformación. En medio del caos aparece Kara, quien asegura ser su prima y se une a la lucha.
Lex intenta pactar con Zod y es despreciado. Humillado, se une a Superman, vistiendo por primera vez su armadura de batalla. La alianza es frágil, pero necesaria. La guerra culmina en Metrópolis: Zod y Superman se enfrentan mientras Kara salva civiles. La icónica bola del Planet cae; Clark rescata a Lois, que lo besa antes de descubrir que es Superman.
Con ayuda de Kara y Lex, Superman encierra a Zod en la Zona Fantasma. Zod lo maldice: “Algún día este mundo te temerá.” Lex es enviado a Belle Reve, advirtiendo que Superman lo necesitará. Clark visita la tumba de Lana, decide seguir adelante y, junto a Lois y Supergirl, abraza su papel como el último hijo de Krypton.
