La película sigue a Miles Morales mientras se enfrenta a dos villanos: Prowler, quien descubriría que es su propio tío Aaron y Rhino, un poderoso matón contratado por Roxxon de Simon Krieger.
Peter Parker, ya retirado de su papel como Spider-Man, ayuda a Miles a mejorar sus habilidades y a enfrentarse a sus propios miedos e inseguridades.
A lo largo de la trama, Miles empieza a trabajar para FESTIN, una organización dedicada a mejorar la calidad de vida de los ciudadanos de Nueva York, donde conoce a Martin Li, un hombre carismático y amable que oculta un oscuro secreto.
A medida que la situación se intensifica, Miles debe decidir si debe seguir luchando por su ciudad y por la memoria de su padre, o si debe renunciar a su papel como Spider-Man.
Spider-Man soluciona todos sus problemas con Prowler para así aliarse y acabar con los Demonios. El final de la película tiene a Miles convertido en un Spider-Man reconocido por los ciudadanos de Nueva York, pero también le muestra los peligros de la fama y la responsabilidad que conlleva ser un héroe. Al final vemos cómo una araña de Oscorp pica a Gwen.
