dopo essere rimasti separati da un'esplosione, i due devono farsi strada verso il dipartimento di polizia (R.P.D.), sperando di trovare rifugio. Ma la stazione è diventata una trappola mortale infestata da creature mutanti, come i letali Licker, e sorvegliata da un'inarrestabile arma biologica: il T-00 (Mr. X), un colosso programmato per eliminare ogni testimone.
Mentre Leon si allea con la misteriosa Ada Wong per svelare i complotti della Umbrella, Claire tenta di proteggere Sherry Birkin, una bambina braccata dal suo stesso padre, lo scienziato William Birkin, ormai mutato in un mostro grottesco a causa del G-Virus.
Per sopravvivere, Leon e Claire dovranno scendere nelle profondità dei laboratori sotterranei della città, in una corsa contro il tempo prima che Raccoon City venga cancellata per sempre dalle mappe.