Mortes por bactérias venenosas andam acontecendo com frequência, mas ninguém parece conseguir entender o porquê. As gêmeas Dra. Ilene e Dra. Ling Chen investigam e descobrem que o responsável é Dagahra, um monstro geneticamente modificado que foi criado pelos habitantes vizinhos dos Atlantes, Nilai-Kanai. Seu objetivo era eliminar a poluição das águas, mas como Gyaos, ele se revoltou e destruiu seus criadores. Junto de suas fadas Shobijin, duas jovens e uma pequena criatura, Leo deve evoluir e enfrentar seu venenoso inimigo em seu próprio ambiente. Último filme da trilogia de Mothra Leo e preparação para o que está por vir.
