Mission Virtueuse : Snake doit exfiltrer Sokolov, un scientifique soviétique. La mission échoue quand son mentor, The Boss, fait défection vers l'URSS et aide le colonel Volgin à lancer une ogive nucléaire sur le bureau de Sokolov.
Opération Snake Eater : Snake retourne en URSS pour détruire le Shagohod et tuer The Boss.
The Boss et le Shagohod : Snake affronte l'unité Cobra (les soldats d'élite de The Boss) et détruit le Shagohod.
La Vérité : Snake tue The Boss dans un duel final. Il apprend ensuite que la défection de The Boss était une mission secrète des USA, et qu'elle devait mourir pour innocenter le gouvernement américain du tir nucléaire.
