Lorsque le destructeur d'oxygène Destroyer à été lâché lors d'un combat contre Godzilla et Ghidorah à Isla De Mara, ça à crée un titan invincible nommée Destoroyah, qui va alors prendre possession de tout les pouvoirs des Kaiju les plus puissants pour anéantir l'espèce humaine et crée un nouveau monde ! Alors que Godzilla et son fils vivent à l'abris des regards sur l'île de naissance, le roi des monstres va alors sentirent sa présence et se décider de l'affronter. De son coté, Monarch et l'armée crée un nouveau monstre cybernétique, Mecha-Ghidorah, qui à été crée dans le but d'aider Godzilla à vaincre Destoroyah. Godzilla va alors appeler tout les derniers Kaijus en renfort afin de mettre un terme au règne de Destoroyah...
