Asagi Kusanagi é uma jovem que, ao tocar em um magatama, têm sonhos estranhos sobre uma tartaruga gigante e ouve uma voz que parece se comunicar telepaticamente com ela. Ao mesmo tempo, a cidade começa a ser atacada por uma horrenda criatura alada chamada Gyaos, que devora as pessoas. A fim de deter o monstro, Asagi vai em busca de despertar Gamera, o Guardião do Universo e Amigo de Todas as Crianças.
