Docteur Mystère suit les aventures d’un être mystérieux, un voyageur temporel appelé Le Docteur, qui traverse le temps et l’espace pour protéger l’univers des menaces surnaturelles. Voyageant dans un vaisseau camouflé sous la forme d'une cabine téléphonique des années 1950, La Boîte Temporelle, Le Docteur, une énigme à lui-même, est accompagné par des compagnons humains qui l’aident à se lier aux diverses époques et mondes visités. À chaque régénération, le Docteur change d'apparence et de personnalité, mais il reste toujours guidé par un profond sens de la justice.
