Chiquititas gira em torno do orfanato Raio de Luz, que carrega em sua história um grande segredo envolvendo a família e o dono do orfanato, Dr. José Ricardo Almeida Campos. Em um período anterior à novela, exatos treze anos, sua filha Gabriela se apaixonou e ficou grávida de Miguel, filho de Valentina, empregada da casa dos Almeida Campos. Pouco depois, José Ricardo sequestrou sua neta, pois ele não aceitava que sua filha se envolvesse com um empregado. Como sua neta, Milena, apelidada como Mili, precisava de um lugar para morar, ele comprou um casarão e fundou um orfanato, o Raio de Luz. Mili cresceu lá com outras garotas que chegaram posteriormente: Bia, Ana, as irmãs Tati e Vivi, e Cris. Ao decorrer dos anos, elas se tornam uma família. Elas são supervisionadas por Ernestina, zeladora do orfanato, e Chico, o cozinheiro amado pelas internas. Sofia, ex-governanta da família Almeida Campos, é a diretora do lugar, até que Carmem, irmã de José Ricardo, entre em seu lugar. Logo no primeiro capítulo, Mili conta uma história a suas amigas, que acaba por se tornar sua trajetória durante a trama. Chegam ainda mais órfãos: Pata, Mosca, Binho e Rafa, que viviam nas ruas antes de entrarem na instituição. Pata e Mili tornam-se amigas rapidamente, enquanto Mosca, Binho e Rafa são os primeiros garotos a entrar no abrigo. As crianças sem-teto foram ajudadas por uma doce e bela garota que tocam e mudam a vida delas, assim como as das garotas órfãs.
