Capitán América y Falcon, en una misión encubierta, descubren que Norman Osborn, alias el Duende Verde, está detrás de un tráfico de tecnología alienígena. Osborn ha formado un equipo de villanos, los Thunderbolts, compuesto por Mac Gargan, ahora como Venom, Songbird, Moonstone, Penance y Radioactive Man, con la intención de sembrar el caos y justificar la implementación de un Acta de Registro de Superhumanos. Steve y Falcon, con la ayuda de Spider-Man, intentan frustrar los planes de Osborn. En un feroz enfrentamiento en la ciudad, Songbird comienza a cuestionar su lealtad y finalmente traiciona a Osborn, ayudando a Steve a desmantelar a los Thunderbolts y salvar la ciudad. Aunque Venom y los otros villanos son derrotados, la destrucción causada siembra miedo y desconfianza, lo que aumenta el apoyo al Acta de Registro. Steve Rogers siente que, aunque ha ganado esta batalla, una guerra más grande se avecina. La película concluye con Osborn en prisión, visitado por una figura sombría, insinuando que la Guerra Civil entre los superhéroes es inevitable, sentando las bases para un conflicto que dividirá a los héroes más poderosos del mundo.
