En 1912 Booker DeWitt, un ex agente de la Agencia Nacional de Detectives Pinkerton, es contratado por los hermanos Lutece para infiltrarse en la ciudad flotante de Columbia, una utopía creada por Zachary Comstock, y sacar al cordero de Columbia, Elizabeth Comstock.
Al internar cumplir su misión Booker se vera enfrentado a horrores inimaginables y mucho secretos por descubrir.
