La trama se centra en el conflicto entre Mister Freeze y Poison Ivy, dos científicos que obtienen poderes después de un enfrentamiento en los jardines botánicos de Gotham. Victor Fries busca una cura para su esposa, Nora, cuya enfermedad la mantiene congelada, mientras que Pamela Isley se niega a proporcionar la planta necesaria para la cura debido a los posibles riesgos. Ambos son capturados por la Bat-Familia, siendo enviados al Asilo Arkham donde desatan una guerra civil
Batman y Robin (Jason Todd) intervienen para detener a los villanos y enfrentarlos en Arkham, donde se desencadena un caos total. La confrontación se intensifica cuando el frío letal de Freeze amenaza con destruir las plantas de Ivy, desencadenando un conflicto personal entre los dos villanos. Durante la batalla, se presentan cameos de villanos pasados, añadiendo una capa adicional de caos y peligro a la situación.
A lo largo de la película, se explora la relación entre Batman y Jason Todd como Robin, destacando las diferencias entre la franqueza del Caballero Oscuro y la impulsividad del joven héroe. Mientras Bruce Wayne apoya a Freeze por su comprensión de su tragedia personal, Jason se ve atraído por Poison Ivy debido a la toxina que ella controla. Al mismo tiempo, en un giro sorprendente, el ya convertido Joker atrae la atención de Harleen Quinzel, quien se enamora de él gracias a la influencia de la toxina de Ivy, estableciendo así un vínculo entre dos de los villanos más notorios de Gotham.
