La película inicia con Gotham sumida en corrupción, donde Sal Maroni domina el crimen. Durante un intercambio ilegal, Maroni presencia a Batman, aún torpe pero feroz, atacar brutalmente a sus hombres, sufriendo un infarto ante el murciélago. Su muerte deja un vacío que Roman Sionis aprovecha para convertirse en Black Mask, imponiendo su reinado con terror. Batman, con 26 años, continúa su cruzada inexperta y sangrienta, asistido por Alfred, su cómplice más que mentor.
Sionis contrata a los letales asesinos Deathstroke y Deadshot para eliminar al vigilante, pero su rivalidad convierte la cacería en un duelo a tres bandas. Batman, malherido y vulnerable, aprende que no basta la fuerza, sino la astucia y la resiliencia. Cuando Sionis secuestra a Barbara Gordon, Batman lo rescata, ganándose la confianza parcial del teniente James Gordon.
En el clímax, Batman vence primero a Deathstroke con ingenio y luego enfrenta a Black Mask en la Fundación Sionis, eliminando su imperio desde las sombras. La película termina con Gotham temeroso, Deadshot herido y Black Mask humillado pero vivo. Bruce, exhausto y cicatrizado, reflexiona con Alfred sobre su evolución: la fuerza bruta no basta, debe convertirse en algo más que un hombre golpeando en la oscuridad, mientras oculta su verdadera guerra tras la fachada de playboy.
