Tres años después de Wonderland, Bruce Wayne, ahora de 31-32 años, es un Batman más estratégico y calculador, combinando fuerza, inteligencia y paciencia. Robin, con 18 años, es su aliado consolidado, apoyo táctico y emocional, resultado de años de entrenamiento tras la tragedia del circo Grayson.
Gotham es sacudida por asesinatos teatrales de mafiosos, cometidos por un vigilante espectral llamado el Fantasma, cuya silueta recuerda a Batman. La opinión pública, instigada por el concejal Arthur Reeves, culpa a Bruce y exige su captura. Durante la investigación, Batman descubre que el Fantasma elimina a los objetivos sin titubear, superando incluso a sus enemigos más letales.
Bruce se reencuentra con Andrea Beaumont, su antiguo amor. Mientras su relación se reaviva, Robin teme que ella distraiga a Bruce. La verdad emerge: Andrea es el Fantasma, buscando venganza por la muerte de su padre, Carl Beaumont, y apunta especialmente a Roman Sionis, Black Mask.
En la confrontación final, Batman y Robin irrumpen en la guarida de Black Mask. Andrea enfrenta directamente a Sionis y lo ejecuta, ignorando las súplicas de Bruce. Tras la masacre, desaparece entre la niebla, dejando a Bruce destrozado pero consciente de que Gotham aún lo necesita.
La película concluye con Batman y Robin en un rascacielos bajo la Batseñal, aceptando que la cruzada continúa, fortalecidos como equipo y marcando la consolidación de la Bat-Familia.
