Tres años después de The Mask of the Phantom, Bruce Wayne, con 35 años, es un Batman calculador y estratégico. Robin, de 21, cuestiona a veces los límites de su mentor, reflejando tensiones en su relación mientras Gotham enfrenta una amenaza que desafía mente y cuerpo.
El villano es Hugo Strange, psiquiatra de Arkham obsesionado con “cazar” a Batman. Con recursos ilimitados, crea monstruos a partir de internos: Waylon Jones se convierte en Killer Croc, Basil Karlo en Clayface y Solomon Grundy es reanimado como un ser casi inmortal. Croc aterroriza las alcantarillas, Clayface manipula la mente de Batman tomando formas de sus seres queridos, y Grundy representa un peligro físico imparable. Strange observa, manipulando todo a distancia para quebrar al Murciélago.
Batman y Robin enfrentan desafíos tanto físicos como psicológicos: rescatan a Jason Todd de Croc, detienen a Grundy con electricidad y congelan a Clayface. Tras neutralizar a los monstruos, irrumpen en Arkham para detener a Strange, quien es sometido a una lobotomía parcial, perdiendo recuerdos esenciales y su obsesión por Bruce.
En el epílogo, Jason comienza su entrenamiento bajo la tutela de Bruce y Robin mientras Dick Grayson deja Gotham rumbo a Nightwing. La película concluye con Batman y Robin observando la ciudad, conscientes de que Gotham siempre enfrentará nuevas amenazas, pero confiados en que la Bat-Familia sigue creciendo y adaptándose.
