Tras la muerte de Thomas Elliot, el mejor amigo de Bruce, este trata de buscar la felicidad en su vida reconciliándose con Andrea. Seguiría su andadura como Batman y esta vez deberá de enfrentarse a un nuevo villano: El Pingüino. Este es un desecho humano criado por pingüinos y que buscará dominar Gotham mediante su gran mente criminal. Al mismo tiempo que el psicólogo Jonathan Crane se convierte en el Espantapájaros con el objetivo de expandir su gas del miedo por toda la ciudad. Estos se alían para vencer al murciélago. Batman se alía con Catwoman, una ladrona con buen corazón, para vencerlos.
