Há cinco anos, X-Men e a Irmandade dos Mutantes se enfrentaram nas ruas de Nova York no evento que ficou conhecido como Dia M. Naquele dia, um mutante perdeu o controle de seus poderes. Nunca se soube quem ele era, de que lado estava ou se era herói ou vilão — apenas que era um mutante. Centenas morreram, seja humano ou mutante.
Após a tragédia, o governo dos Estados Unidos implantou a Lei de Registro Mutante. Mutantes passaram a ser catalogados, e os que resistiam eram caçados. Cinco anos depois, sem o Instituto Xavier e sem os X-Men, ser mutante nunca foi tão perigoso.
A situação piora quando a Frente de Libertação Mutante, liderada por Mancha Solar, realiza um ataque em forma de protesto, levando o governo a considerar a aprovação da lei de extradição mutante. Hank McCoy, o Fera, torna-se o principal rosto defensor dos mutantes na mídia, o que o coloca na mira dos Purificadores. Ele tenta negociar com o governo, mas é atacado pelos Purificadores.
Ao mesmo tempo, Scott Summers, afastado do mundo desde o Dia M, é atacado por um homem misterioso que afirma vir do futuro. Ele mostra visões de campos de concentração e alerta: se Scott não agir, não haverá futuro para os mutantes.
Diante disso, Scott sai da aposentadoria e reúne Polaris, Magia, Mancha Solar, Emma Frost e o Fera, formando os novos X-Men para retomar uma luta que nunca deveria ter acabado — agora contra os Purificadores, liderados pelo reverendo Stryker e financiados em segredo pelo senador Kelly
